La diada de l'11 de setembre de 2012 va suposar un abans i un després per a l'independentisme, ja que aquell any es va celebrar la primera manifestació massiva als carrers de Barcelona per reclamar la independència del país sota el lema "Catalunya nou estat d'Europa". En aquesta hi va participar un milió de persones, segons la conselleria de l'Interior, una xifra que va fer encendre totes les alarmes a Madrid. En aquell moment, el govern espanyol estava presidit per Mariano Rajoy i Jorge Fernández Díaz era el seu ministre de l'Interior. Va ser aquest qui, en veure l'èxit de la protesta independentista per la diada, l'endemà, el 12 de setembre de 2012 va decidir actuar i així ho va comunicar als seus col·laboradors, segons han publicat La Vanguardia i CrónicaLibre.com. Aquesta decisió de qui era ministre de l'Interior del govern espanyol es va acabar convertint en l'Operació Catalunya.

Tan sols dues setmanes més tard, el 27 de setembre, l'excomissari José Manuel Villarejo es va reunir en un dinar amb Eugenio Pino, exdirector adjunt de la Policia (DAO) i condemnat el 2022 per intentar adulterar el Cas Pujol en el marc d'aquesta operació. També va participar d'aquesta trobada Agustín Linares, referent al Cos Nacional de la Policia i mentor de Villarejo. En els àudios d'aquella reunió, tots tres comenten amb preocupació l'escenari polític a Catalunya, la manifestació de l'11-S i la reunió sense èxit entre Rajoy i el president Artur Mas. En la conversa, es plantegen fer "alguna cosa" davant el nou escenari i la "indefensió", diuen, del govern espanyol. En aquell moment, l'operació es va batejar com a "Projecte Barna", però va evolucionar en l'Operació Catalunya. A partir de finals de setembre i després del dinar de Villarejo amb Pino i Linares es van començar a generar informes i organitzar trobades amb "voluntaris" a lluitar contra el procés, que tot just començava. Les agendes de l'excomissari també van en la mateixa línia: el 10 d'octubre apareixen les primeres referències a l'operació: una conversa amb Pino i una altra amb Francisco Martínez, la mà dreta de Jorge Fernández Díaz a Interior. 

CiU i Mas, en el punt de mira 

Cal tenir en compte que aquest inici de l'Operació Catalunya coincideix amb l'anunci d'eleccions anticipades al Parlament de Catalunya per part d'Artur Mas, després que la seva reunió amb Mariano Rajoy el setembre del 2012 no arribés a bon port. Quan Pino i Linares van dinar amb Villarejo, el president feia dos dies que havia convocat eleccions, que es van celebrar el 25 de novembre d'aquell mateix any. El 10 d'octubre d'aquell mateix any Eugenio Pino va encarregar formalment collar CiU, després que en el dinar s'apuntés que els culpables del "problema" a Catalunya eren Mas i Pujol. En aquells comicis, el partit va perdre 12 diputats i en les llibretes de Villarejo el comissari feia referència a conversacions prèvies d'alts càrrecs policials sobre el seu objectiu: divulgar draps bruts sobre CiU, influint en l'opinió pública a través de mitjans encoberts. 

El pagament a De la Rosa

Entre els mesos de setembre, octubre i novembre del 2012 es va treballar amb intensitat per desacreditar l'independentisme. El 26 d'octubre d'aquell mateix any, quan Villarejo ja havia rebut l'encàrrec, l'excomissari es va reunir amb Maria Dolores de Cospedal, secretaria general del partit i, en aquell moment, presidenta de Castella la Manxa. Ignacio López del Hierro, marit de Cospedal, els va posar en contacte, tot i que ja es coneixen d'abans, i la seva relació es va allargar durant setmanes, amb trucades constants per l'Operació Catalunya. A partir d'aquell dia, la popular va posar en contacte a Villarejo amb la seva amiga Alícia Sánchez Camacho. Va ser en aquesta polèmica trobada quan va sortir la primera llista d'objectius, entre els quals el mateix Artur Mas, Jaume Giró o Sandro Rosell. Ara, la querella de l'expresident del Barça per l'Operació Catalunya ha arribat als jutjats. Amb tot, Villarejo va afegir a la llista altres noms que no apareixien entre els que havia proposat Sánchez Camacho.

Ja al novembre, Villarejo es va reunir amb Javier de la Rosa, José María Clemente Marcet i Victoria Álvarez, les seves fonts principals de l'Operació Catalunya. El dia abans, ell i altres alts càrrecs de la policia s'havien reunit amb Fernández Díaz per analitzar la situació. De la primera reunió ja en va sortir la primera informació falsa, en aquest cas contra Jordi Pujol i publicada a El Mundo, sobre 137 milions d'euros del president a Ginebra, uns diners que mai no van existir i que l'excomissari va reconèixer que era fals. Villarejo va negociar amb Álvarez i De la Rosa sobre la quantitat de diners que els havia de pagar perquè denunciessin als Pujol davant la Unitat De Delinqüència Econòmica i Fiscal. L'empresari va fer la denúncia el 29 de novembre i el 6 de desembre, tot i que després es va retractar en no rebre part dels diners acordats segons La Vanguardia i CronicaLibre.com. Finalment la va formalitzar el 13 de desembre. Segons consta a les agendes de Vilarejo, De la Rosa va rebre un pagament de 150.000 euros el 6 de desembre, amb uns diners aportats per Cospedal a través del seu cap de gabinet com a presidenta manxega.