L'Audiència Nacional va investigar durant més d'un any i mig la creació d'una Hisenda catalana dins de les "estructures d'Estat" que volia posar en marxa la Generalitat de Catalunya per culminar el procés d'independència d'Espanya. No obstant això, un error burocràtic va impedir al jutge Juan Antonio Ramírez Sunyer, que va morir fa poc, que investigava l'organització del referèndum l'1 d'octubre, conèixer tots els informes que la Guàrdia Civil havia elaborat sobre aquest assumpte.

En concret, les indagacions a l'Audiència Nacional van començar al març del 2016, un any abans que el jutjat d'instrucció número 13 de Barcelona es fes càrrec de la investigació de l'organització del referèndum i tot el relacionat amb la construcció d'una hipotètica República Catalana.

La investigació va estar encapçalada pel llavors fiscal cap de l'Audiència Nacional, Javier Zaragoza, que va posar al capdavant de les indagacions Daniel Campos, amb el suport de la llavors fiscal general de l'Estat, Consuelo Madrigal. La instrucció va començar així amb tres fiscals, però a mesura que van passar els mesos va anar canviant de mans: Madrigal va ser substituïda per José Manuel Maza, Saragossa per Jesús Alonso i Camps per Miguel Ángel Carballo. Els tres van continuar signant els escrits que feien avançar la investigació.

Es dona la circumstància que Saragossa i Madrigal són dos dels quatre fiscals que acusaran de rebel·lió, malversació i desobediència en el judici del procés que se celebrarà l'any que ve al Suprem, així que quan comenci la vista oral els dos ja hauran complert més de tres anys investigant el procés independentista.

No obstant això, el Jutjat de Barcelona no ha tingut fins ara accés als resultats de més de 19 mesos d'investigació d'aquests fiscals ni als informes de la Guàrdia Civil sobre les estructures d'Estat que havien recaptat a causa d'un error: quan la documentació va arribar a Barcelona al setembre del 2017, ningú es va adonar que procedien de l'Audiència Nacional i pensant que eren papers duplicats no es van tenir en compte.