Tal dia com avui de l’any 1497, fa 523, a Roma, moria assassinat Joan de Borja i Cattanei, fill del pontífex Alexandre VI -conegut com el papa Borja- i de la seva parella Vanozza dei Cattanei. Joan Borja era la primera baula d’una sèrie d’unions matrimonials convingudes que unien les poderoses famílies Borja i Enríquez. L’any 1444, Joana Enríquez -mare de Ferran el Catòlic- s’havia convertit en reina consort de la corona catalanoaragonesa. I l’any 1452, Alfons de Borja s’havia convertit en pontífex de Roma amb el nom de Calixt III. No es pot explicar el projecte de la unió dinàstica hispànica sense el concurs de la poderosa aliança Borja-Enríquez.
Els Trastàmara catalanoaragonesos havien traçat un projecte polític que havia de conduir a la unió dinàstica de tots els dominis peninsulars. En aquest projecte, van comptar amb el suport de les elits mercantils de Barcelona i de València, entre les quals hi havia els Borja. I amb el matrimoni entre el comte-rei Joan II i Joana Enríquez, van atraure a la seva causa les oligarquies nobiliàries castellanes oposades als Trastàmara de Toledo. El matrimoni entre Joan de Borja i Maria Enríquez (cosina germana de Ferran II), que es va celebrar a Barcelona l’agost de 1493 (tres mesos després que el pare de Joan -Roderic- assolís el pontificat, segellava definitivament l’aliança Borja-Enríquez.
Joan, malgrat la seva guàrdia personal, va ser mortalment apunyalat el vespre del 14 de juny en un carreró del call jueu de Roma, i el seu cos va ser llançat al riu Tíber. Tenia 23 anys i dos fills nascuts del seu matrimoni amb Maria Enríquez. Després del crim totes les mirades es van girar cap a les nissagues romanes que rivalitzaven amb els Borja (els Orsini o els Della Rovere). Però, posteriorment, les acusacions es van dirigir cap al seu germà petit Cèsar Borja, que s’havia implicat en l’alta política com un condottiero independent aliat de la monarquia francesa i oposat a la monarquia hispànica. Cèsar, a proposta del seu pare, rellevaria Joan com a capità general dels exèrcits pontificis.