El Jutjat d'Instrucció número 9 de Màlaga serà l'encarregat de gestionar la fase d'instrucció del cas Julen. Des d'aquesta mateixa matinada, hores després que es trobés el cos, l'òrgan ha començat a rebre els informes, declaracions i atestats relacionats amb els fets.

La investigació es va obrir en el moment en què es va alertar de la desaparició del nen en caure en un pou el passat dia 13 de gener. La Policia Judicial de la Guàrdia Civil de Vélez-Màlaga va obrir llavors diligències judicials per investigar les circumstàncies en què es van produir els fets.

En aquests moments, també s'està pendent de l'autòpsia que ha de determinar les causes i el moment de la mort del nen. D'altra banda, el Servei de Protecció de la Natura (Seprona) de la Guàrdia Civil també té una investigació paral·lela per aclarir com es va fer el pou, que hauria estat excavat sense llicència.