Clara Ponsatí no ha amagat mai les seves reticències cap a la gestió de Junts i amb la forma com la dinàmica dels partits independentistes condiciona la feina del Consell per la República. Però avui ha explicitat les seves reserves públicament davant de l'Assemblea de Representants que s'ha reunit a Canet del Rosselló per a escollir Carles Puigdemont com a president d'aquest òrgan. Ponsatí, que ha intervingut de manera telemàtica en el debat d'investidura, ha interrogat Puigdemont sobre el seu parer en relació a la política de Junts per Catalunya sobre els Jocs d'Hivern, l'actuació dels Mossos contra l'independentisme, o l'ofensiva contra la immersió.

No ha estat l'única que ha mostrat la preocupació per la vinculació de Puigdemont amb Junts i el fet que mantingui la presidència del partit. El polític independentista ha garantit repetidament, davant de les preguntes que se li han plantejat, que davant qualsevol conflicte entre les seves responsabilitats, sempre prioritzarà el país i el Consell per davant del partit. No obstant, Ponsatí, que ha estat una de les darreres a intervenir s'ha acollit a les paraules del mateix Puigdemont sobre la seva condició de militant de Junts. Ho ha fet, a més, després reiterar la seva lleialtat cap a Puigdemont i d'explicar que no era present a Canet perquè demà ha d'iniciar un viatge de dues setmanes.

La consellera, que viu també exiliada a Brussel·les, ha demanat, com a militant, el parer del president "davant les actuacions del seu partit al govern, que clarament estan disminuint el patrimoni immaterial de la nació amb projectes de gran envergadura". En concret s'ha referit als Jocs Olímpics del Pirineu, l'actuació de la conselleria d'Interior i els Mossos davant de l'independentisme, i l'actuació del govern de la Generalitat enfront de l'ofensiva contra la immersió lingüística.

Puigdemont, que també ha volgut agrair la feina de Ponsatí, ha replicat que no corresponia entrar en aquest debat. "Aquí no està el militant de Junts. No estic responent a la pregunta d'un govern autonòmic", ha argumentat a més de subratllar que una manera de vincular el Consell a la dinàmica interior del govern de Catalunya seria que entrés en aquest debat que no estan ni en el programa del Consell. "No li respondré no perquè no m'interessi un debat sinó perquè responent contradiria la meva compareixença. No comparec com a militant de Junts", ha conclòs amb el mateix argument amb què havia resposta prèviament a altres intervencions assegurant que no tenia cap responsabilitat sobre l'actuació del Govern de la Generalitat.

El malestar de Ponsatí amb la dinàmica política a Catalunya i l'efecte en el Consell va provocar que abandonés el govern del Consell per la República.