Tal dia com avui de l’any 1909, fa 117 anys, a la cerveseria Cebrián (on actualment hi ha l’orxateria El Tío Che), al barri del Poblenou, de Barcelona, l’escocès David Mauchan —amb l’ajut del seu germà— fundava el Club Esportiu Júpiter. La creació del CE Júpiter es produiria per la fusió de dos equips amateurs locals: l’Anglo-espanyol i l’Stadium Nacional. Segons les fonts documentals, per a triar la denominació del nou club, els fundadors es van inspirar en el nom d’un globus que havia guanyat un concurs d’aerostàtics que s’havia celebrat aquell mateix dia a la platja de la Mar Bella.

L’època daurada de l’equip de futbol seria a l’inici de la seva història. Durant aquesta etapa, va guanyar el Campionat de Barcelona de Segona Categoria (1917), el Campionat de Catalunya i d’Espanya del grup B (1925) —equivalent a la Segona Divisió actual— i el Campionat de Catalunya de Segona Categoria Preferent (1929). El 1934 va ascendir a la Segona Divisió del futbol estatal i hi va jugar durant tres temporades, fins a l’esclat de la Guerra Civil espanyola i la interrupció del campionat (1936). Va arribar a tenir 2.000 abonats, i seria el tercer club de la ciutat en massa social, només a darrere del FC Barcelona i del RCE Espanyol.

Des del seu inici, el Júpiter sempre va estar molt compromès amb la ideologia llibertària i amb el catalanisme polític. El seu escut quadribarrat i estelat va ser prohibit pel règim dictatorial de Primo de Rivera (1924). Jugaria el partit contra el FC Barcelona en homenatge a l’Orfeó Català, que culminaria amb la primera xiulada a l’himne espanyol de la història (1925). Amb la proclamació de la II República, va recuperar el seu escut (1931), però, després de l’ocupació franquista de Catalunya (1939), el nou règim dictatorial prohibiria de nou l’escut, li canviaria el nom pel de CD Hércules i el reduiria a la categoria de filial del RCE Espanyol.

El 1940 recuperaria el nom, però l’escut no el recuperaria fins al 1976. Segons les fonts documentals, és un club amb un nervi ideològic molt definit: contrari al sexisme, l’homofòbia, la xenofòbia i el feixisme, i actualment juguen amb una samarreta tricolor inspirada en els colors de la bandera republicana.