La història d’Empúries, tot i l’abandonament de la ciutat romana, va continuar durant l’època tardoantiga, el període de transició entre l’antiguitat i l’edat mitjana. Ho va fer, en una primera etapa, al territori que avui es coneix com a sector Santa Margarida, situat, a l’oest del turó d’Empúries (l’Escala). Allà es va ubicar, en concret, un nou nucli de població al voltant d’una església de dimensions considerables que era la peça clau del conjunt episcopal que allà es va ubicar. Ara, dins del projecte quadriennal de recerca arqueològica (2022-2025) impulsat des del Museu d’Arqueologia de Catalunya, s’ha aconseguit definir totalment la planta de l’església i del baptisteri situat just al sud de la basílica.
Un temple gran
Aquesta església tenia unes dimensions considerables i era de tipus basilical, amb una planta formada per tres naus separades longitudinalment per columnes. A la capçalera de la nau central, que tenia el doble d’amplada que les dues laterals, s’hi emplaçava el cor i l’absis. Els treballs arqueològics han permès completar també la planta del baptisteri, que seria de planta quadrada i amb la piscina baptismal situada al mig. La presència d’aquestes dues grans edificacions, que formarien part de l’antic conjunt episcopal d’Empúries, haurien estat determinants per a la configuració d’un important nucli de població al sector de Santa Margarida que, juntament amb Sant Martí d’Empúries, exerciren la capitalitat del territori.
Fins al segle VIII
La pèrdua de la seu episcopal, a partir del segle VIII en endavant, va comportar la transformació de l’antiga basílica i del baptisteri, utilitzats com a àrea d’enterrament. Damunt de les seves restes, en època medieval s’hi edificaren dues esglesioles, una d’elles encara amb funcions baptismals, a redós de les quals s’hi disposaren diferents espais de cementiri, amb una continuïtat d’ús fins el segles XIII-XIV. A partir d’aquest moment i fins al segle XVIII únicament es manté dempeus i en ús la capella de Santa Margarida, que ha donat nom al jaciment arqueològic.
La tipologia de les tombes excavades és molt diversa i mostra l’evolució de les pautes funeràries al llarg dels segles. A banda de les tombes més privilegiades, algunes amb sarcòfags de pedra, hi trobem també altres enterraments més senzills, amb fosses simples delimitades per caixes de pedra o també amb lloses de pissarra. Destaca igualment la identificació de zones cementiri destinades preferentment als infants. Paral·lelament als estudis antropològics, s’han iniciat també diferents anàlisis de les restes dels esquelets per poder conèixer de forma més precisa la naturalesa i les característiques de la població.