La historia de Ampurias, a pesar del abandono de la ciudad romana, siguió durando la antigüedad tardía, el periodo de transición entre la época clásica y la edad media. Lo hizo, en una primera etapa, en el territorio que hoy se conoce como sector Santa Margarida, situado, en el oeste de la colina de Ampurias (l'Escala). Allí se ubicó, en concreto, un nuevo núcleo de población en torno a una iglesia de dimensiones considerables que era la pieza clave del conjunto episcopal que allí se ubicó. Ahora, dentro del proyecto cuatrienal de investigación arqueológica (2022-2025) impulsado desde el Museo de Arqueología de Catalunya, se ha conseguido definir totalmente la planta de la iglesia y del baptisterio situado justo en el sur de la basílica.
Un templo grande
Esta iglesia tenía unas dimensiones considerables y era de tipo basilical, con una planta formada por tres naves separadas longitudinalmente por columnas. En la cabecera de la nave central, que tenía el doble de anchura que las dos laterales, se emplazaba al coro y el ábside. Los trabajos arqueológicos han permitido completar también la planta del baptisterio, que sería de planta cuadrada y con la piscina bautismal situada en medio. La presencia de estas dos grandes edificaciones, que formarían parte del antiguo conjunto episcopal de Ampurias, habrían sido determinantes para la configuración de un importante núcleo de población en el sector de Santa Margarida que, junto con Sant Martí d'Empúries, ejercieron la capitalidad del territorio.
Hasta el siglo VIII
La pérdida de la sede episcopal, a partir del siglo VIII en adelante, comportó la transformación de la antigua basílica y del baptisterio, utilizados como área de entierro. Encima de sus restos, en época medieval se edificaron dos iglesuelas, una de ellas todavía con funciones bautismales, en abrigo de las cuales se dispusieron diferentes espacios de cementerio, con una continuidad de uso hasta el siglos XIII-XIV. A partir de este momento y hasta el siglo XVIII únicamente se mantiene de pie y en uso la capilla de Santa Margarida, que ha dado nombre al yacimiento arqueológico.
La tipología de las tumbas excavadas es muy diversa y muestra la evolución de las pautas funerarias a lo largo de los siglos. Aparte de las tumbas más privilegiadas, algunas con sarcófagos de piedra, encontramos también otros entierros más sencillos, con fosos simples delimitadas por cajas de piedra o también con losas de pizarra. Destaca igualmente la identificación de zonas cementerio destinadas preferentemente a los niños. Paralelamente a los estudios antropológicos, se han iniciado también diferentes análisis de los restos de los esqueletos para poder conocer de forma más precisa la naturaleza y las características de la población.