L'independentisme català torna a aparèixer a l'informe anual que realitza l'Europol sobre amenaces terroristes, després que aquesta vinculació desaparegués breument per les pressions de Junts i Esquerra Republicana al govern espanyol el 2023. Ara, com en l'edició d'aquell any, el secessionisme català surt de nou a l'apartat d'"Etnonacionalistes i terrorisme separatista i extremisme violent". Es tracta d'una menció breu, un sol paràgraf, on també es menciona el moviment abertzale basc com a potencial focus de violència.
L'Europol menciona en l'informe el "separatisme extremista" català, però apunta que es manté "fragmentat, amb una capacitat operativa dèbil i molt limitat a una activitat esporàdica i simbòlica, sense indicis que disposi de capacitat per exercir una violència sostinguda o a gran escala". Pel que fa a l'entorn basc, el document policial alerta d'"un augment de la violència per part de l'entorn del separatisme extremista". "Aquesta activitat va implicar principalment actors joves de l'àmbit independentista, pròxims a l'extrema esquerra", apunta l'informe. En la mateixa categoria, l'Europol hi inclou l'IRA, el PKK kurd o el separatisme cors.
L'aparició de l'independentisme català a aquest informe sobre terrorisme de l'Europol va ser a la primera plana política el 2023, quan la inclusió del moviment va fer esclatar la polèmica. La llavors presidenta de l'Assemblea Nacional Catalana (ANC), Dolors Feliu, va enviar una carta demanant explicacions a la directora executiva de l'Europol, Catherine De Bolle, i subratllant el "caràcter no violent" del moviment. Aquell any va ser la nova investidura del president del govern espanyol, Pedro Sánchez, i Junts va posar com a una de les condicions per seure a negociar el seu suport que l'independentisme no sortís a aquest informe. "No es pot negociar amb qui ens considera la segona amenaça més important després del terrorisme jihadista i demana a l'Europol que ens tracti de terroristes", va advertir llavors el líder juntaire, Carles Puigdemont.
El Ministeri de l'Interior de Fernando Grande-Marlaska va fer la petició a l'Europol el setembre del 2023, tot apuntant que era un "error tècnic" i que calia una "rectificació". A l'octubre del mateix any, el nou informe va treure la qualificació de terrorisme, si bé va definir l'independentisme com a extremista i potencialment violent, especialment "amb una visió d'extrema esquerra" i amb missatges en contra de l’Estat espanyol i les seves institucions. El febrer del 2024, l'Europol va anunciar que canviaria la metodologia utilitzada per a fer l'informe anual, amb la revisió d'experts i la verificació de tot de manera prèvia per part dels estats membres. Finalment, en l'edició del 2025, es va retirar l'independentisme català del text. Ara, però, la referència ha tornat en la darrera actualització.