El comissari José Manuel Villarejo s'hauria evitat una investigació per presumpte blanqueig de capitals gràcies a la fiscalia de Madrid, que va frenar l'esmentada investigació malgrat que tant la comissió judicial que treballa per al Jutjat d'Instrucció número 2 de Madrid, com la Unitat d'Assumptes Interns de la Policia havien destacat en sengles informes que existien indicis de blanqueig de capitals.
Segons avança el diari El País, les sospites van arribar després d'analitzar a fons l'entramat d'empreses del comissari ja jubilat i els moviments de diners entre diferents societats. Malgrat això, la Fiscalia va decidir no investigar ni tramitar les sol·licituds de la Policia de dades a la Tresoreria General de la Seguretat Social ni a l'Agència Tributària.
El policia és la principal font que va destapar l'existència de l'anomenada Operació Catalunya, pel que sembla orquestrada des del Ministeri de l'Interior sota Jorge Fernández Díaz, amb la intenció de fabricar acusacions falses a líders polítics de l'independentisme català com maniobra per a frenar el creixement del sobiranisme. Així mateix, Villarejo està sent investigat en una de les peces separades del cas Nicolás, acusat d'organitzar enregistraments il·legals i difondre'ls.