El comisario José Manuel Villarejo se habría evitado una investigación por presunto blanqueo de capitales gracias a la fiscalía de Madrid, que frenó dicha investigación pese a que tanto la comisión judicial que trabaja para el Juzgado de Instrucción número 2 de Madrid, como la Unidad de Asuntos Internos de la Policía habían destacado en sendos informes que existían indicios de blanqueo de capitales.
Según avanza el diario El País, las sospechas llegaron tras analizar a fondo el entramado de empresas del comisario ya jubilado y los movimientos de dinero entre distintas sociedades. Pese a ello, la fiscalía decidió no investigar ni tramitar las solicitudes de la Policía de datos a la Tesorería General de la Seguridad Social ni a la Agencia Tributaria.
El policía es la principal fuente que destapó la existencia de la llamada Operación Catalunya, al parecer orquestada desde el Ministerio del Interior bajo Jorge Fernández Díaz, con la intención de fabricar acusaciones falsas a líderes políticos del independentismo catalán como maniobra para frenar el crecimiento del soberanismo. Así mismo, Villarejo esta siendo investigado en una de las piezas separadas del caso Nicolás, acusado de organizar grabaciones ilegales y difundirlas.