El Centre Nacional d'Intel·ligència (CNI) va informar el govern espanyol l'any 2019 que estava espiant Pere Aragonès, aleshores vicepresident del Govern, segons El Mundo. Per tant, quan el nom de l'actual president de la Generalitat va aparèixer entre els afectats pel CatalanGate en l'informe de CitizenLab no devia ser una gran sorpresa per al govern espanyol. El diari cita dues fonts que coneixen el document que el CNI va presentar davant de l'Executiu espanyol, en què el Centre justificava les escoltes a Aragonès davant d'un jutge. Sota la sospita que Aragonès fos el "coordinador" dels CDR, el CNI va justificar utilitzar el programari Pegasus i així ho va notificar a La Moncloa.

Esgrimint els CDR i Tsunami Democràtic, el CNI va aconseguir l'autorització del jutge del Tribunal Suprem Pablo Lucas per intervenir el telèfon d'Aragonès. La resolució del jutge va ser presentada a La Moncloa i el Ministeri de Defensa, "com sempre", remarquen les fonts properes al CNI de El Mundo. El diari afirma que la còpia de la resolució que justificava aquest espionatge va ser un dels documents que es va presentar a la comissió de secrets oficials del Congrés. 

Tot plegat contrasta amb la versió inicial de La Moncloa, la qual sostenia que no en tenia coneixement. La resposta davant de l'esclat de l'escàndol del CatalanGate per part del govern espanyol ha passat per diverses fases i un cop abandonada la fase de negació, va admetre algunes escoltes dins de la legalitat i va negar el gran nombre de víctimes que va destapar CitizenLab, desmereixent la investigació d'aquests. El reconeixement de la legalitat d'aquest espionatge implica que el govern espanyol n'havia de ser coneixedor, fet que reafirmen fonts del servei d'Intel·ligència. 

Confirmant que l'espionatge a Pere Aragonès es va realitzar dins dels marcs de la legalitat espanyola, ell mateix ha demanat que es desclassifiqui l'autorització judicial que justificava aquestes escoltes. La ministra de Defensa, Margarita Robles, qui ha mantingut una de les posicions més bel·ligerants en l'escàndol de l'espionatge, va afirmar el passat dimarts que "estaria absolutament encantada" de fer-ho. 

Ni el CNI, ni la Generalitat

La resposta del govern espanyol davant del CatalanGate no ha conformat a ningú. Negar inicialment que es tingués informació d'aquest espionatge, per després reconèixer que es tenia coneixement d'alguns casos va indignar el CNI, que va afirmar que estaven "abandonats" i "desprotegits" davant de la resposta de La Moncloa. El servei d'Intel·ligència ha sostingut actuar dins de la legalitat, fet pel qual la destitució de la seva directora ha produït butllofes. 

Finalment, el passat dimarts va rodar el primer cap pel cas de l'espionatge, el de l'exdirectora del CNI, Paz Esteban. Aquest moviment del govern espanyol no és suficient per al Govern de la Generalitat. Però Esteban no ha caigut per la investigació a l'independentisme, sinó per l'escletxa de seguretat als mòbils de l'Executiu espanyol. Tot plegat no sastisfà el Govern i els partits que el conformen, els quals volen responsabilitats per l'espionatge massiu a independentistes.