Tal día como hoy del año 1508, hace 514 años, Fernando el Católico, conde-rey de la corona catalanoaragonesa y regente de la corona castellanoleonesa desde la muerte de Isabel la Católica (1504), enviaba una misiva oficial a Nicolás de Ovando, gobernador de la Española desde la destitución y encarcelamiento de los hermanos Colón (1500), en la cual ordenaba que se construyera un templo católico en cada uno de los nuevos establecimientos coloniales que se fundaran en el Nuevo Mundo. Esta orden perseguía el encuadre de la población autóctona a través de la evangelización como instrumento de dominación.
Esta orden implicó una formidable transferencia de religiosos al Nuevo Mundo, que se convirtieron en uno de los tentáculos más efectivos del aparato de dominación hispánica. También, con esta orden, se enterraba definitivamente el espíritu inicial de la empresa americana, proyectado por el núcleo original liderado por los Colón, e integrado por Santàngel, Coloma y Ballester, entre otros. Con el desembarque de religiosos y el refuerzo del aparato militar, la presencia hispánica en el Nuevo Mundo pasó de un modelo colonizador de tipo colaboración a otro de dominación.
No obstante, a finales del siglo XVI, surgió un pensamiento crítico con este modelo de dominación que conducía a la desaparición de las poblaciones autóctonas. La Compañía de Jesús, especialmente, proyectó un nuevo modelo que consistía en la creación de explotaciones agrarias conducidas por población autóctona, pero diseñadas con los criterios europeos de innovación, producción y rendimiento. En estos casos, no se difundía el Evangelio hasta que aquellas comunidades habían alcanzado un nivel mínimo de desarrollo económico y de control de los recursos.
La primera experiencia serían las misiones jesuíticas del Chaco (en los actuales estados de Argentina y Paraguay). El año 1588, el jesuita catalán Joan Saloni y sus subalternos -el portugués Antonio Ortega y el irlandés Thomas Field- creaban las primeras misiones radicalmente contrapuestas a la "encomienda".