Tal dia com avui de l’any 1508, fa 514 anys, Ferran el Catòlic, comte-rei de la corona catalanoaragonesa i regent de la corona castellanolleonesa des de la mort d’Isabel la Catòlica (1504), enviava una missiva oficial a Nicolás de Ovando, governador de la Hispaniola des de la destitució i empresonament dels germans Colom (1500), en la qual ordenava que es construís un temple catòlic en cada un dels nous establiments colonials que es fundessin al Nou Món. Aquesta ordre perseguia l’enquadrament de la població autòctona a través de l’evangelització com a instrument de dominació.
Aquesta ordre va implicar una formidable transferència de religiosos al Nou Món, que es van convertir en un dels tentacles més efectius de l’aparell de dominació hispànica. També, amb aquesta ordre, s’enterrava definitivament l’esperit inicial de l’empresa americana, projectat pel nucli original liderat pels Colom, i integrat per Santàngel, Coloma i Ballester, entre altres. Amb el desembarcament de religiosos i el reforç de l’aparell militar, la presència hispànica al Nou Món va transcendir d’un model colonitzador de tipus col·laboració a un altre de dominació.
No obstant això, a finals del segle XVI, va sorgir un pensament crític amb aquest model de dominació que conduïa a la desaparició de les poblacions autòctones. La Companyia de Jesús, especialment, va projectar un nou model que consistia en la creació d’explotacions agràries conduïdes per població autòctona, però dissenyades amb els criteris europeus d’innovació, producció i rendiment. En aquests casos, no es difonia l’Evangeli fins que aquelles comunitats havien assolit un nivell mínim de desenvolupament econòmic i de control dels recursos.
La primera experiència serien les missions jesuítiques del Chaco (als actuals estats d’Argentina i Paraguai). L’any 1588, el jesuïta català Joan Saloni i els seus subalterns -el portuguès Antonio Ortega i l’irlandès Thomas Field- creaven les primeres missions radicalment contraposades a la “encomienda”.