El 4 de gener de 1977 l'Audiència Nacional (AN) succeïa al Tribunal d'Ordre Públic franquista sense solució de continuïtat, centralitzant l'enjudiciament dels delictes de terrorisme. Una jurisdicció especial que vulnera el principi de ser jutjats pel jutge ordinari predeterminat per la llei.
El 1990 la sala penal del Tribunal Suprem (TS) revocava la prèvia sentència absolutòria del Tribunal Superior de Xustiza de Galicia (TSXG) i condemnava per prevaricació el líder del partit nacionalista Coalición Galega (CG) i antic vicepresident de la Xunta amb el govern tripartit PSdeG/CG/PNG-PG entre 1987 i 1988. Aquesta sentència avui no podria ser dictada, ja que el Tribunal Constitucional (TC) va proscriure el setembre de 2002 que el tribunal d'apel·lació pogués valorar a fi de condemnar la mateixa prova ja valorada pel tribunal d'instància amb resultat absolutori.
L'octubre del 2001 la Cambra de Representants i el Senat dels EUA van aprovar la Patriot Act, adoptant en calent aquesta decisió amb l'argument dels milers de víctimes de Nova York l'11-S. L'esmentada llei, confirmada substancialment com a legislació permanent el 2006, va disposar que el poder executiu podria retenir indefinidament els combatents enemics com a poder inherent a la direcció de la guerra.
El TS va revocar fins a dues vegades dues sentències absolutòries del Tribunal Superior de Justícia d'Euskadi i va condemnar el 2008 per un delicte de desobediència el president del Parlament Basc, Juan Mari Atutxa, i els membres de la Mesa Kontxi Bilbao i Gorka Knörr per negar-se a dissoldre el grup parlamentari Sozialista Abertzaleak, hereu de Batasuna. La sentència havia estat només recorreguda per l'acusació popular del sindicat fantasma i parafeixista Manos Limpias, per la qual cosa el TS va haver de substituir la seva "doctrina Botín" (que prohibia la condemna quan no mantenia l'acusació ni el ministeri fiscal ni cap acusació particular, és a dir, quan només la mantenia l'acusació popular) per la "doctrina Airbag", que en un llenguatge usual es tradueix com "de la mateixa manera que et dic una cosa te'n dic una altra". Doctrina també denominada per altres Animal Farm, ja que demostra orwel·lianament que Emilio Botín era més igual que Juan Mari Atutxa, Kontxi Bilbao i Gorka Knörr. L'esmentada doctrina va ser acríticament confirmada pel TC, però va caure a Estrasburg. El 2017 el Tribunal Europeu de Drets Humans (TEDH) va condemnar l'estat espanyol per la vulneració patida per aquestes tres persones en el seu dret a un judici just. Però el mal ja estava fet. Com diem els gallecs, “Deus nos libre dun xa foi”.
Des de l'inici de la Transició, l'Audiència Nacional i el Tribunal Suprem han aplicat selectivament el dret penal de l'enemic, moltes vegades com a missatge per transmetre quins són els límits de la tolerància amb els sectors discrepants
El 2006 el TS va inaplicar la doctrina, comuna a totes les democràcies, que prohibeix l'aplicació retroactiva de les lleis (també les regles d'execució de les penes) i va definir la doctrina Parot amb caràcter retroactiu. D'aquesta manera, els beneficis penitenciaris de redempció de les penes pel treball, previstos en el Codi Penal de 1973 i retirats del de 1995, s'aplicarien no sobre el temps màxim de condemna (30 anys en l'esmentat CP 1973) sinó sobre el total de les penes imposades (a vegades de centenars d'anys, en cas de terroristes amb diversos delictes). El Tribunal Constitucional va validar aquesta teoria el 2008. Una vegada més, una sentència del TEDH, d'octubre del 2013, va determinar la impossibilitat d'aplicar aquest nou còmput amb caràcter retroactiu, per la qual cosa en els mesos següents 72 presos van haver de ser alliberats, molts havent vist arbitràriament incrementat el seu temps efectiu de compliment.
El juny del 2013 l'AN va jutjar per terrorisme diversos ciutadans gallecs. El tribunal, presidit pel controvertit magistrat Félix Alfonso Guevara (famós pel seu tracte difícil i les seves males maneres), va rebutjar en la interlocutòria del judici un gran nombre de proves encaminades a acreditar la inexistència de Resistencia Galega com a organització terrorista, entre elles la declaració de Xosé Manuel Beiras. Els testimonis de diversos guàrdies civils només es basaven en la convicció subjectiva, sense cap prova. La sentència va ser duríssima, condemnant entre 12 i 18 anys les quatre persones jutjades. El TS va reduir una mica aquesta pena tan desproporcionada, l'execució de la qual va ser draconiana, i els condemnats van complir les seves penes en règim tancat (primer grau) i en presons fora de Galícia que impedien el contacte amb el seu entorn vital. Només el desglaç relatiu dels primers mesos de govern Sánchez, la feina permanent dels seus advocats i les gestions d'antics diputats del PSOE van permetre la seva tornada molt recent a complir pena a Galícia.
L'octubre del 2017 l'AN va ignorar la seva pròpia doctrina que la considerava incompetent per instruir i jutjar el delicte de sedició i va continuar amb la instrucció de la causa contra Jordi Sànchez i Jordi Cuixart, acordant presó preventiva contra ambdós, bàsicament fonamentada en la gravetat del delicte de sedició que llavors els imputava. Per la seva part, el TS va acordar també presó preventiva per suposat delicte de rebel·lió contra el vicepresident Oriol Junqueras, la presidenta del Parlament Carme Forcadell i set consellers i conselleres del Govern. 109 catedràtics i professors de Dret Penal de gairebé totes les universitats de l'Estat denunciaven al seu document col·lectiu Legalitat penal i procés independentista (novembre 2017) la incompetència manifesta del TS en la causa contra els membres del Govern i de la Taula del Parlament (ho seria el Tribunal Superior de Justícia de Catalunya) i la de l'AN en la causa llavors oberta independentment contra els Jordis (ho serien els Jutjats de Barcelona), així com considerava que la presó preventiva acordada no només era desproporcionada, sinó que es basava en delictes com la rebel·lió i la sedició, clarament inexistents en vista de la falta de violència en el comportament dels presos. La primavera del 2018 el Tribunal Superior de Schleswig-Holstein ratificaria respecte del president Puigdemont aquesta absència de l'element de violència, essencial perquè existeixi el delicte. El març del 2019, per la seva part, el Comitè de Drets Humans de l'ONU considerava que la presó preventiva aplicada als presos polítics catalans constituïa una vulneració objectiva dels seus drets fonamentals.
L'aplicació selectiva i distorsionada del dret penal deteriora la convivència democràtica, restringeix les llibertats i assenta, dins i fora de l'estat espanyol, la idea que l'Estat canvia de regles a meitat de partit en funció dels seus objectius polítics
Al llarg d'aquests gairebé dos anys de causa penal (novembre 2017-octubre 2019), el TS ha impedit que els presos polítics successivament elegits com a diputats al Parlament, diputats al Congrés o eurodiputats poguessin complir el mandat legítimament conferit per la ciutadania, fins al punt que ha creat un il·legal tertium genus entre la inhabilitació decidida per sentència i la no restricció de drets polítics als no condemnats: el pres polític inhabilitat de facto.
L'AN va desconèixer la competència dels jutjats d'Altsasu i Nafarroa per jutjar les suposades agressions ocorregudes en l'esmentada població navarresa. El títol competencial va ser, com no podria ser d'altra manera, l'acusació de terrorisme, delicte del qual finalment van ser absolts els acusats. Tanmateix, aquesta acusació va ser essencial per enviar alguns d'ells a presó preventiva. Van ser condemnats a penes molt elevades en relació amb la gravetat objectiva dels fets, algunes d'elles de 13 anys de presó. El tribunal va apreciar l'agreujant d'odi, per discriminació ideològica respecte a la Guàrdia Civil. Però els cossos policials no poden ser destinataris de l'esmentat agreujant d'odi ideològic, ja que són institucions neutrals només sotmeses a l'imperi de la llei. La causa està pendent de recurs davant el TS.
El setembre del 2019 l'AN va acordar la presó de set membres dels CDR sota l'acusació de terrorisme. La detenció policial es va efectuar de manera obertament desproporcionada, causant greus perjudicis morals i materials a familiars, amb escenes pròpies de la detenció dels elements més letals del crim organitzat. Partint del secret de sumari, els advocats dels detinguts no coneixien els fets concrets dels quals se'ls acusava i no se'ls va permetre assistir a la declaració com a investigades de les altres persones detingudes diferents de la seva respectiva patrocinada. Tampoc no es van poder comunicar en cap moment amb els seus detinguts durant les primeres 36 hores de detenció. Malgrat el secret del sumari i de la gravíssima restricció de garanties que això suposa, els mitjans de comunicació de Madrid han rebut tota mena de filtracions (que si dos detinguts van reconèixer part dels fets, que si parlaven a través de mitjancers amb els presidents Torra i Puigdemont...), convenientment utilitzades per a la criminalització de l'independentisme, sense que el magistrat competent hagi adoptat les mesures oportunes per defensar el secret de sumari. Quan el cert és que la investigació sobre les filtracions era relativament fàcil, ja que només poden venir, per eliminació lògica, de la força de policia judicial actuant, del personal del jutjat o del ministeri fiscal.
A l'estat espanyol regeix un estat de dret que reconeix i empara les garanties processals, com bé ha recordat el professor Queralt. Però des de l'inici de la mateixa Transició, l'Audiència Nacional (AN) i el Tribunal Suprem (TS) han aplicat selectivament el dret penal de l'enemic, moltes vegades com a missatge per transmetre quins són els límits de la tolerància amb els sectors discrepants. Per a això la llei ha possibilitat centralitzar en els esmentats AN i TS les causes de terrorisme, augmentant extraordinàriament el seu àmbit material ("tot és ETA", deia Baltasar Garzón). Com si es desconfiés de la magistratura que exerceix a Catalunya, Euskadi, Nafarroa o Galícia.
Aquesta aplicació selectiva i distorsionada del dret penal és incompatible amb la Convenció Europea de Drets Humans i altres tractats internacionals en matèria de drets humans subscrits per l'estat espanyol. Deteriora també la convivència democràtica, restringeix les llibertats i assenta, dins i fora de l'estat espanyol, la idea que l'Estat canvia de regles a meitat de partit en funció dels seus objectius polítics.
A més, la continuïtat d'aquestes conductes les normalitza i les fa passar per admissibles per a milions de persones. Perquè, en últim cas, la seva validesa utilitarista es basa en el fet que el seu destinatari és l'enemic.