La Comissió Europea condemna "enèrgicament qualsevol accés il·legal als sistemes de comunicació" o qualsevol forma d'intercepció il·lícita de les comunicacions dels usuaris. En aquest sentit, recorda que tal com assenyala Tribunal de Justícia de la Unió Europea (TJUE) la "simple referència a la seguretat nacional" per part dels estats membres "no és suficient per excloure l'aplicació del Dret de la UE". Així doncs, assenyala que en cas de no poder-se aplicar el Dret de la UE, els estats membres estan vinculats per les garanties que figuren al Conveni Europeu de Drets Humans. El text respon a les preguntes formulades el passat mes de novembre pels eurodiputats Carles Puigdemont, Clara Ponsatí i Toni Comín, en les quals denunciaven el cas d'espionatge contra els dirigents independentistes amb el sistema d'espionatge Pegasus. 

Seguiment de la investigació 

La comissària d’Afers Interns europea, Ylva Johansson, en nom de la Comissió Europea ha indicat que des de la institució europea són coneixedors de les denúncies dels líders independentistes espiats i segueixen de prop el cas. En aquest sentit, ha assenyalat que segueixen la comissió d'investigació del Parlament Europeu per investigar l'ús de Pegasus per espiar. Amb tot, ha afirmat que prendran nota de l'informe final i seguiran les recomanacions que se'n derivin de la investigació. 

La Comissió ha recordat que la directiva sobre la privacitat i les comunicacions electròniques prohibeix la intercepció de comunicacions i l'emmagatzematge i l'accés a la informació a l'equip terminal sense el consentiment de l'usuari afectat. Aquesta mateixa directiva permet als estats membres adoptar mesures legislatives per restringir els drets quan sigui "una mesura necessària, adequada i proporcionada en una societat democràtica per protegir la seguretat nacional, la defensa, la seguretat pública i la lluita contra les infraccions penals". A més, Johansson ha remarcat que més enllà de la legislació europea, els estats estan vinculats per les garanties que figuren en el Conveni Europeu de Drets Humans, amb el Tractat Europeu de Drets Humans com a màxim garantia.

Espionatge amb Pegasus 

Els eurodiputats Carles Puigdemont, Clara Ponsatí i Toni Comín van enviar el passat 22 de novembre una carta a la Comissió Europea on realitzaven una sèrie de preguntes per saber el grau de coneixement que la Comissió tenia sobre l'espionatge per part del govern espanyol als líders independentistes. Entre les qüestions, els eurodiputats preguntaven a la institució europea si n'era conscient "de les pràctiques que utilitza Espanya per lluitar contra les organitzacions no violentes compostes per membres electes i la societat civil. A més, també volien saber l'opinió de la comissió respecte al fet que l'espionatge coincidís amb la formació del govern català. Per últim, consultava si la Comissió considerava "que la lluita contra el terrorisme justifica l'ús indiscriminat de programes espia?"