Vox va presentar una querella contra els membres del Govern i contra la Mesa del Parlament per diverses consideracions relacionades amb la convocatòria del referèndum. Entre aquests punts, considerats il·legals, hi ha l'anunci del referèndum, les partides del pressupost o l'aprovació de la llei de Transitorietat Jurídica i la creació de les estructures d'Estat, la llei del Referèndum entre d'altres.
El propòsit de Vox era obrir una nova querella contra el president Carles Puigdemont, el vicepresident, Oriol Junqueras, i tots els consellers, a més de la presidenta del Parlament, Carme Forcadell, i dels membres de la Mesa que han donat suport a tots els tràmits per tirar endavant el referèndum. I els delictes que pretenien imputar, al marge de desobediència, prevaricació i malversació —que són els delictes que ja s'imputen al Govern i la Mesa— hi havia usurpació de funcions, conspiració per a la rebel·lió i sedició.
La Sala Civil i Penal del TSJC ha acceptat la querella, però no com pretenia Vox, i l'ha unit a les querelles ja obertes en dues sales del Tribunal Superior de Justícia de Catalunya que ja investiguen Puigdemont i el seu Govern i Forcadell i la Mesa. Tampoc ha acceptat tots els delictes. Manté els que ja estan en investigació: desobediència, prevaricació i malversació, i descarta els altres.
La querella, per tant, es reparteix entre dues jutgesses: Mercedes Armas i Mª Eugènia Alegret. Armas, que porta la investigació del Govern, i Alegret, que s'ocupa de Forcadell i la Mesa del Parlament, han de fixar ara cadascuna una fiança que ha de pagar Vox perquè pugui formar part del procés. Fins que no es fixi, la paguin i entrin en la causa, no podran demanar mesures cautelars.