La bona relació entre Carme Chacón i Pere Navarro ha experimentat un declivi des de finals de 2012. El motiu? La gestió del conflicte sobiranista. L'11 de setembre de 2012 van tenir lloc les manifestacions multitudinàries a favor de la independència de Catalunya i a partir d'aleshores, el distanciament ha estat insalvable. Navarro convençut que obeïa el que demanaven els catalans i el que demanava el PSC, va apostar per una consulta "legal i acordada", com no es cansava de repetir. Chacón, en canvi, sempre s'ha negat a fer una consulta sobre independència, ja que no vol "que em demanin ser del papa o la mama". Aquestes diferències, que sempre han fet públiques, han acabat per esdevenir insalvables, també a nivell personal.
Febrer de 2012: Suport de Navarro a la candidatura de Chacón
Navarro procura el suport del PSC a la candidatura de Carme Chacón a secretària general del PSOE al 37è Congrés del partit que es celebra a Sevilla. El PSC considera que és una bona oportunitat que una catalana tingui opcions a presidir el Govern espanyol. Guanya Alfredo Pérez Rubalcaba per molt poc marge i Chacón denuncia manca de transparència en el procediment. 
Novembre de 2012: Consulta "legal i acordada"
Després de les multitudinàries manifestacions a favor de la independència de Catalunya, el PSC concorre a les eleccions que convoca Artur Mas de forma anticipada amb una "consulta legal i acordada" al programa. Carme Chacón es comença a desmarcar d'aquesta via.
Febrer de 2013: Chacón es desmarca i Navarro l'amenaça
El 26 de febrer de 2013 es vota al Congrés una proposta de resolució de CiU sobre el dret a decidir dels ciutadans de Catalunya mitjançant un referèndum legal i acordat amb el Govern espanyol. Navarro demana el vot favorable dels diputats del PSC ja que entén que "és el que defensen la immensa majoria dels catalans i la immensa majoria dels votants del PSC".
Chacón, però, trenca la disciplina de vot: no vota ni a favor, com els seus companys del PSC, ni en contra, com el PSOE. No pitja cap botó en la votació. La proposta es rebutja per 275 vots en contra (PP, PSOE, UPyD i Foro) i 60 a favor. Chacón explica a la premsa que ha fet perquè creu "fermament" en l'"enteniment entre Catalunya i Espanya".
És aleshores quan Navarro protagonitza la disputa més sonada: amenaça Chacón amb no donar suport a la seva candidatura per liderar el PSC a les eleccions generals si no defensa una consulta acordada a Catalunya. El primer secretari del PSC atribueix la posició de Chacón a la seva aspiració a liderar el PSOE.
Març de 2013: "El tema Chacón està conclòs"
Després de la tempesta, Navarro assegura que les discrepàncies amb Chacón i el PSOE estan resoltes. "Hem de posar de relleu tot allò que ens uneix, crec que aquesta és la voluntat per part d'ella i també per part de la direcció".
Maig de 2013: Carta pública de Chacón a Navarro
A principis de 2013, els partits que estan a favor del dret a decidir (CiU, ERC, PSC, ICV-EUiA i les CUP) acorden la celebració d'una cimera pel dret a decidir. Després de votar contra la declaració de sobirania que va aprovar el Parlament el 23 de gener, el PSC assisteix a la primera reunió el 6 de maig. Chacón publica a El Periódico una carta adreçada a Navarro on es posiciona en contra de la cimera i l'insta a "no situar-se al costat de Mas". El PSC la va considera "fora de lloc". Just abans de la cimera, es fa pública una discussió entre Navarro i Chacón, en què ell l'acusa de "lligar-lo de peus i mans" amb aquella carta i li diu que, si abandona la cimera, l'acusaran de "sucumbir a l'espanyolisme". "Jo sóc l'espanyolisme?", li pregunta Chacón. Navarro finalment assisteix a la cimera, però es mostra "decebut" i planta la reunió del 26 de juny.
Agost de 2013: Chacón deixa l'escó al Congrés
La diputada del PSC al Congrés anuncia que deixa el seu escó però no la política. Marxa a Miami a donar classes de Dret Constitucional a la universitat.
Desembre de 2013: Rebuig a la data i la pregunta
El 12 de desembre de 2013, després de conèixer-se la data i la pregunta de la consulta amb la compareixença de CDC, UDC, ERC, ICV, EUiA i les CUP, Carme Chacón i Pere Navarro coincideixen a carregar-hi en contra, però per diferents motius. Navarro considera que és "una acció unilateral condemnada al fracàs" i insta que se segueixi la via escocesa, i Chacón reapareix a Twitter per lamentar que la Generalitat tiri endavant el procés sobiranista quan el món "s'obre portes".
Mientras en el mundo se abren puertas y se construyen puentes, el soberanismo catalán levanta murallas y prepara fronteras
— Carme Chacon (@carmechacon) December 12, 2013
Maig de 2014: Retrobament públic a les europees
Pere Navarro i Carme Chacón es tornen a retrobar a les europees, a l'acte de clausura de campanya de Javi López a la nau Ivanow amb les joventuts socialistes. Fonts socialistes revelen que durant la campanya el jove candidat ha exercit de nexe entre diversos sectors d'un partit que es desmembra, per mantenir-lo unit encara que només sigui unes setmanes. 
Estiu de 2014: Navarro dimiteix i Chacón marxa
Després d'uns nefastos resultats per als socialistes a les eleccions europees (a les quals el PSC perd un dels dos escons que tenien al Parlament Europeu) i la dimissió d'Alfredo Pérez Rubalcaba com a secretari general del PSOE, Chacón diu això sobre els resultats.
Solo si primero nos abrimos a la sociedad, la sociedad se abrirá a nosotros. El cambio empieza por nosotros. #primariasabiertas — Carme Chacon (@carmechacon) Mayo 26, 2014
Pere Navarro acaba presentant la seva dimissió al Consell Nacional del 15 de juny. Tot plegat després d'una primavera de màxima tensió interna al partit. Marina Geli, Núria Ventura i Joan Ignasi Elena voten a favor del traspàs de la competència de l'Estat a la Generalitat per fer la consulta sobre la independència –Àngel Ros abandona el seu escó uns dies abans– i diferents sectors crítics amb la direcció del PSC van a Madrid a donar suport a la delegació catalana que va al Congrés el 8 d'abril per demanar-la. Miquel Iceta, cuiner de la ideologia del PSC durant els darrers anys, guanya unes primàries sense rival el 13 de juliol. Chacón, després d'insinuar que es presentaria a les primàries al PSOE que ella mateixa contribueix a forçar, es retira tot criticant-ne el reglament. Pedro Sánchez, que esdevé nou secretari general del partit, incorpora Chacón i Navarro a la seva executiva.
Juny de 2015: Chacón es postula per les generals
Sense candidat alternatiu visible, Carme Chacón decideix canviar de residència de Madrid a Barcelona per tornar a presentar-se, per tercera vegada, a les eleccions generals pel PSC. Pere Navarro guarda silenci, segur d'anar a la llista per tenir el suport de la federació del Vallès Occidental Oest i la complicitat de Miquel Iceta: la Declaració de Granada en què Pedro Sánchez diu que vol basar la futura reforma constitucional ha estat en bona part impulsada per Pere Navarro.
Octubre de 2015: Chacón guanya la batalla a Navarro
Carme Chacón guanya el pols a Miquel Iceta el 24 d'octubre al Consell Nacional i, un any i mig després d'haver-la amenaçat Pere Navarro amb no donar-li suport com a candidata a les eleccions, és ella qui el fa caure com a candidat dins de la seva llista i hi sitúa persones de la seva confiança. L'excepció és Maurici Lucena, a qui ha hagut d'acceptar. El paper de Navarro en un futur proper és incert. Juntament amb Chacón continua formant part de l'executiva federal del PSOE i, si guanya les eleccions, Pedro Sánchez podria reservar-li algun rol de responsabilitat en una eventual reforma constitucional.