La buena relación entre Carme Chacón y Pere Navarro ha experimentado un declive desde finales de 2012. ¿El motivo? La gestión del conflicto soberanista. El 11 de septiembre de 2012 tuvieron lugar las manifestaciones multitudinarias a favor de la independencia de Catalunya, y a partir de entonces, el distanciamiento ha sido insalvable. Navarro convencido de que obedecía lo que pedían a los catalanes y lo que pedía al PSC, apostó por una consulta "legal y acordada", como no se cansaba de repetir. Chacón, en cambio, siempre se ha negado a hacer una consulta sobre independencia, ya que no quiere "que me pidan ser de papá o de mamá". Estas diferencias, que siempre han hecho públicas, han acabado por ser insalvables, también a nivel personal.
Febrero de 2012: Apoyo de Navarro a la candidatura de Chacón
Navarro procura el apoyo del PSC a la candidatura de Carme Chacón a secretaria general del PSOE en el 37º Congreso del partido que se celebra en Sevilla. El PSC considera que es una buena oportunidad de que una catalana tenga opciones de presidir el Gobierno español. Gana Alfredo Pérez Rubalcaba por muy poco margen y Chacón denuncia falta de transparencia en el procedimiento. 
Noviembre de 2012: Consulta "legal y acordada"
Después de las multitudinarias manifestaciones a favor de la independencia de Catalunya, el PSC concurre a las elecciones que convoca Artur Mas de forma anticipada con una "consulta legal y acordada" al programa. Carme Chacón se empieza a desmarcar de esta vía.
Febrero de 2013: Chacón se desmarca del PSC y Navarro la amenaza
El 26 de febrero de 2013 se vota en el Congreso una propuesta de resolución de CiU sobre el derecho a decidir de los ciudadanos de Catalunya mediante un referéndum legal y acordado con el Gobierno español. Navarro pide el voto favorable de los diputados del PSC ya que entiende que "es lo que defienden la inmensa mayoría de los catalanes y la inmensa mayoría de los votantes del PSC".
Chacón, sin embargo, rompe la disciplina de voto: no vota ni a favor, como sus compañeros del PSC, ni en contra, como el PSOE. No pulsa ningún botón en la votación. La propuesta se rechaza por 275 votos en contra (PP, PSOE, UPyD y Foro) y 60 a favor. Chacón explica a la prensa que lo ha hecho porque cree "firmemente" en el "entendimiento entre Catalunya y España".
Es entonces cuando Navarro protagoniza la disputa más conocida: amenaza a Chacón con no dar apoyo a su candidatura para liderar al PSC en las elecciones generales si no defiende una consulta acordada en Catalunya. El primer secretario del PSC atribuye la posición de Chacón a su aspiración a liderar al PSOE.
Marzo de 2013: "El tema Chacón está zanjado"
Después de la tormenta, Navarro asegura que las discrepancias con Chacón y el PSOE están resueltas. "Tenemos que poner de relieve todo aquello que nos une, creo que esta es la voluntad por parte de ella y también por parte de la dirección".
Mayo de 2013: Carta pública de Chacón a Navarro
A principios de 2013, los partidos que están a favor del derecho a decidir (CiU, ERC, PSC, ICV-EUiA y las CUP) acuerdan la celebración de una cumbre por el derecho a decidir. Después de votar contra la declaración de soberanía que aprobó el Parlamento el 23 de enero, el PSC asiste a la primera reunión el 6 de mayo. Chacón publica en El Periódico una carta dirigida a Navarro donde se posiciona en contra de la cumbre y lo insta a "no situarse al lado de Mas". El PSC la considera "fuera de lugar". Justo antes de la cumbre, se hace pública una discusión entre Navarro y Chacón, en la que él lo acusa de "atarlo de pies y manos" con aquella carta y le dice que, si abandona la cumbre, lo acusarán de "sucumbir al españolismo". "¿Yo soy el españolismo?", le pregunta Chacón. Navarro finalmente asiste a la reunión, pero se muestra "decepcionado" y planta la del 26 de junio.
Agosto de 2013: Chacón deja el escaño al Congreso
La diputada del PSC en el Congreso anuncia que deja su escaño pero no la política. Se marcha a Miami a dar clases de Derecho Constitucional en la universidad.
Diciembre de 2013: Rechazo a la fecha y la pregunta
El 12 de diciembre de 2013, después de conocerse la fecha y la pregunta de la consulta con la comparecencia de CDC, UDC, ERC, ICV, EUiA y las CUP, Carme Chacón y Pere Navarro coinciden en cargar en contra, pero por diferentes motivos. Navarro considera que es "una acción unilateral condenada al fracaso" e insta a que se siga la vía escocesa, y Chacón reaparece en Twitter para lamentar que la Generalitat siga adelante el proceso soberanista cuando el mundo "se abre puertas".
Mientras en el mundo se abren puertas y se construyen puentes, el soberanismo catalán levanta murallas y prepara fronteras — Carme Chacon (@carmechacon) December 12, 2013
Mayo de 2014: Reencuentro público en las europeas
Pere Navarro y Carme Chacón se vuelven a encontrar en las europeas, en el acto de clausura de campaña de Javi López en la nave Ivanow con las juventudes socialistas. Fuentes socialistas revelan que durante la campaña el joven candidato ha ejercido de nexo entre varios sectores de un partido que se desmembra, para mantenerlo unido aunque sólo sea unas semanas. 
Verano de 2014: Navarro dimite y Chacón se marcha
Después de unos nefastos resultados para los socialistas en las elecciones europeas (en las cuales el PSC pierde uno de los dos escaños que tenían en el Parlamento Europeo) y la dimisión de Alfredo Pérez Rubalcaba como secretario general del PSOE, Chacón dice esto sobre los resultados.
Solo si primero nos abrimos a la sociedad, la sociedad se abrirá a nosotros. El cambio empieza por nosotros. #primariasabiertas — Carme Chacon (@carmechacon) Mayo 26, 2014
Pere Navarro acaba presentando su dimisión en el Consejo Nacional del 15 de junio. Todo después de una primavera de máxima tensión interna en el partido. Marina Geli, Núria Ventura y Joan Ignasi Elena votan a favor del traspaso de la competencia del Estado a la Generalitat para hacer la consulta sobre la independencia –Àngel Ros abandona su escaño unos días antes– y diferentes sectores críticos con la dirección del PSC van a Madrid a dar apoyo a la delegación catalana que va al Congreso el 8 de abril para pedirla. Miquel Iceta, cocinero de la ideología del PSC durante los últimos años, gana unas primarias sin rival el 13 de julio y se erige primer secretario. Chacón, después de insinuar que se presentaría a las primarias al PSOE que ella misma contribuye a forzar, se retira criticando el reglamento. Pedro Sánchez, que se convierte en nuevo secretario general del partido, incorpora a Chacón y Navarro en su ejecutiva.
Junio de 2015: Chacón se postula para las generales
Sin candidato alternativo visible, Carme Chacón decide cambiar de residencia de Madrid a Barcelona para volver a presentarse, por tercera vez, a las elecciones generales por el PSC. Pere Navarro guarda silencio, seguro de ir en la lista por tener el apoyo de la federación del Vallès Occidental Oeste y la complicidad de Miquel Iceta: la Declaración de Granada en la que Pedro Sánchez dice que quiere basar la futura reforma constitucional ha sido en buena parte impulsada por Navarro.
Octubre de 2015: Chacón gana la batalla a Navarro
Carme Chacón gana el pulso a Miquel Iceta el 24 de octubre en el Consejo Nacional y, un año y medio después de haberla amenazado Pere Navarro con no darle apoyo como candidata a las elecciones, es ella quien lo hace caer como candidato dentro de su lista y sitúa personas de su confianza. La excepción es Maurici Lucena, a quien ha tenido que aceptar. El papel de Navarro en un futuro próximo es incierto. Junto con Chacón sigue formando parte de la ejecutiva federal del PSOE y, si gana las elecciones, Pedro Sánchez podría reservarle algún rol de responsabilidad en una eventual reforma constitucional.