Manos Limpias está personada como a acusación popular en 30 casos, entre los que hay los más importantes de la corrupción del Estado español así como destacados casos políticos. Aparte del caso Nóos, donde ya ha quedado claro que continuará el juicio hasta el final, está el Gürtel, Tarjetas Black, todos los casos relacionados con el procés catalán, el caso Pujol, incluso han pedido la ilegalización de la CUP y se han personado contra el actor Guillermo Toledo por presuntamente insultar a la virgen del Pilar y la Guardia Civil. El sindicato está a punto de caer de grandes casos
Con Javier Bernad, cerebro del sindicato, en prisión, la pregunta es ahora ¿qué casos se mantendrán en los juzgados y de cuántos se acabará retirando Manos Limpias porque los abogados contratados se querrán desvincular de ellos?
El primer caso de que está en la cuerda floja es el de los ERE de Andalucía, que investiga los supuestos fondos irregulares de la Junta de Andalucía, cuando gobernaba a Manuel Chaves, para dotar económicamente empresas con problemas. Hace más de 5 años que está en instrucción. Desde el principio el abogado José María Gómez de León y el procurador Manuel Jesús Campo trabajan en este caso, pero justo dos días antes de los registros en la sede del sindicato y las detenciones comunicaron a la juez que dejaban el caso. Lo justificaban alegando "motivos personales" según consta en la renuncia por escrito que presentaron el 13 de abril. La renuncia fue dos días antes que saltara el escándalo por los presuntos delitos de extorsión, amenazas y pertenencia a organización criminal.
La juez, María Núñez Bolaños, ha dado cinco días a Manos Limpias para que asigne nuevo abogado y procurador. El 19 de abril los envió una providencia con un ultimátum para que el sindicato "designe nuevos profesionales" y avisando de que si no lo hace en cinco días "transcurrido este plazo, se entenderá por apartado del proceso". La designación del nuevo abogado y procurador recae en Manos Limpias, que tiene la cúpula en la prisión y un margen de decisión corto, si los más estrechos colaboradores de Bernad se desentienden.
Además, la Audiencia Nacional acusa a Manos Limpias de pedir 3 millones de euros a cambio de retirar la acusación contra la Infanta, después de enviarla al banquillo de los acusados en el caso Nóos. El magistrado decretó su encarcelamiento incondicional y sin fianza.