El juez de la Audiencia Nacional José Luis Calama se niega a investigar la querella presentada por el presidente de la Generalitat, Pere Aragonès, contra la exdirectora del Centro Nacional de Inteligencia (CNI), Paz Esteban, por el escándalo de Pegasus y rechaza ponerla al mismo nivel que la investigación que mantiene activa por el espionaje de los móviles del presidente del Gobierno, Pedro Sánchez, y tres ministros. En la respuesta, el titular del Juzgado Central de Instrucción número 4 argumenta que no se puede establecer ninguna conexión entre ellas, que su tribunal no es competente, envía la querella a reparto y ahora ha quedado en manos de su colega Ismael Moreno, de Instrucción número 2, que está esperando la traducción de la documentación antes de decidir si la admite a trámite, tal y como han informado fuentes jurídicas a ElNacional.
El presidente Aragonès registró la querella por descubrimiento y revelación de secretos en el Juzgado de Instrucción número 29 de Barcelona, que la descartó alegando que el tribunal competente era la Audiencia Nacional teniendo en cuenta que el presidente catalán —vicepresidente del gobierno en el momento que lo espiaron— era un alta institución del Estado. La inhibición fue a propuesta del fiscal, que argumentó que "vista la naturaleza de los delitos denunciados", la competencia para indagar era de la Audiencia Nacional porque Aragonès era "parte de la configuración del gobierno". La defensa de Aragonès, en cambio, luchó, sin éxito, para que la causa se instruyera en un juzgado ordinario de la capital catalana.
El juez Calama es el que está investigando quién está detrás del ataque con esta herramienta spyware que sufrieron los móviles de Pedro Sánchez, de los ministros del Interior y Defensa, Fernando Grande-Marlaska y Margarita Robles, y el intento de hacer lo mismo con el titular de Agricultura, Luis Planas. Las intromisiones se registraron entre mayo y junio del 2021. Ahora el magistrado considera que no es lo mismo en comparación con la querella de Aragonès. En el caso del presidente catalán, los hechos se remontan en enero de 2020 cuando el ahora presidente ostentaba la vicepresidencia de la Generalitat y la cartera de Hacienda. Su dispositivo móvil sufrió infecciones de Pegasus según destapó un informe técnico del grupo de expertos en ciberseguridad Citizen Lab, de la Universidad de Toronto. Entre los espiados también estaban los expresidentes Quim Torra y Artur Mas así como otros destacados líderes independentistas. A raíz de la trama de espionaje, el gobierno de Sánchez cesó a la entonces directora de los servicio español de inteligencia, Paz Esteban, después de que confirmara en la comisión de Secretos Oficiales del Congreso de los Diputados que había comprado este programa para espiar políticos y personas vinculados al independentismo catalán. Aquel capítulo tensó las relaciones entre los gobiernos catalán y español e hizo temblar el apoyo de Esquerra a los partidos del gobierno.