El independentismo catalán vuelve a aparecer en el informe anual que elabora la Europol sobre amenazas terroristas, después de que esta vinculación desapareciera brevemente por las presiones de Junts y Esquerra Republicana al Gobierno español en 2023. Ahora, como en la edición de aquel año, el secesionismo catalán sale de nuevo en el apartado de "Etnonacionalistas y terrorismo separatista y extremismo violento". Se trata de una mención breve, un solo párrafo, donde también se menciona el movimiento abertzale vasco como potencial foco de violencia.
La Europol menciona en el informe el "separatismo extremista" catalán, pero apunta que se mantiene "fragmentado, con una capacidad operativa débil y muy limitado a una actividad esporádica y simbólica, sin indicios de que disponga de capacidad para ejercer una violencia sostenida o a gran escala". Con respecto al entorno vasco, el documento policial alerta de "un aumento de la violencia por parte del entorno del separatismo extremista". "Esta actividad implicó principalmente a actores jóvenes del ámbito independentista, próximos a la extrema izquierda", apunta el informe. En la misma categoría, la Europol incluye el IRA, el PKK kurdo o el separatismo corso.
La aparición del independentismo catalán en este informe sobre terrorismo de la Europol estuvo en la primera plana política en 2023, cuando la inclusión del movimiento hizo estallar la polémica. La entonces presidenta de la Assemblea Nacional Catalana (ANC), Dolors Feliu, envió una carta pidiendo explicaciones a la directora ejecutiva de la Europol, Catherine De Bolle, y subrayando el "carácter no violento" del movimiento. Aquel año fue la nueva investidura del presidente del Gobierno, Pedro Sánchez, y Junts puso como una de las condiciones para sentarse a negociar su apoyo a que el independentismo no saliera en este informe. "No se puede negociar con quien nos considera la segunda amenaza más importante después del terrorismo yihadista y pide a la Europol que nos trate de terroristas", advirtió entonces el líder juntaire, Carles Puigdemont.
El Ministerio del Interior de Fernando Grande-Marlaska hizo la petición a la Europol en septiembre de 2023, apuntando que era un "error técnico" y que era necesaria una "rectificación". En octubre del mismo año, el nuevo informe quitó la calificación de terrorismo, si bien definió el independentismo como extremista y potencialmente violento, especialmente "con una visión de extrema izquierda" y con mensajes en contra del Estado español y sus instituciones. En febrero de 2024, la Europol anunció que cambiaría la metodología utilizada para confeccionar el informe anual, con la revisión de expertos y la verificación de todo de forma previa por parte de los Estados miembros. Finalmente, en la edición de 2025 se retiró el independentismo catalán del texto. Ahora, sin embargo, la referencia ha vuelto en la última actualización.