Entre los miles de documentos que forman el sumario del 1-O hay los que explican cómo los Mossos d'Esquadra dieron forma a todo el dispositivo de seguridad del día del referéndum y cómo el Estado les quitó el control. Aunque la investigación sobre los Mossos y el mayor Josep Lluís Trapero depende de la Audiencia Nacional y de otro sumario, el hecho de que Joaquim Forn esté investigado por el Tribunal Supremo hace que la documentación de los Mossos sea una buena parte de los 50.000 documentos.
Entre los correos electrónicos que la Guardia Civil requisó del ordenador del conseller Joaquim Forn, está todo el dispositivo previsto para el 1-O y las órdenes que se dieron a los Mossos para cumplir las órdenes del TSJC sin violencia.
Trapero explica en un correo a Forn los principios generales de actuación y se transmite a todo el cuerpo que hay que garantizar la convivencia. Por este motivo, se prioriza la mediación y se pide no utilizar en ningún momento las porras, si no es que hay incidentes.
Estas pautas de actuación se interpretan por la Guardia Civil como una manera de esquivar la orden judicial para impedir el referéndum. Las órdenes se validan con la cúpula de Interior el 30 de septiembre. Dos días antes tuvo lugar la Junta de Seguridad con responsables de la Guardia Civil, Policía Nacional, representantes de la Generalitat y el propio Diego Pérez de los Cobos, que ejercía por primera vez de coordinador nombrado por el Estado.
En aquella reunión el major Trapero pide tener el control de la policía y no hacer uso de la violencia. El major habla de proporcionalidad, pero Pérez de los Cobos, que parece estar de acuerdo con su explicación, remata el debate diciendo que la convivencia ciudadana no puede ser un pretexto para no utilizar la violencia policial.
En la misma reunión el conseller de Interior Joaquim Forn pide que sean los Mossos d'Esquadra quienes se ocupen de todo el dispositivo de seguridad del 1-O, tal como mandan sus competencias, y que la Guardia Civil y el CNP actúen "a requerimiento" en caso que sea necesario. Pero Pérez de los Cobos se opone diciendo que la jueza se dirige en su escrito a todos los cuerpos policiales.
Para coordinar el dispositivo se habían previsto tres reuniones operativas el mismo 1-O entre Mossos, Guardia Civil y CNP. Las coordinaba Pérez de los Cobos. Pero cuando los Mossos fueron a la Delegación del Gobierno para hacer la primera de las reuniones previstas aquel día, se encontraron solos. Mientras tanto, la policía española ya había empezado a cargar en algunos puntos de votación.