El CatalanGate no solo está pasando factura a las relaciones entre la Generalitat y el Gobierno, sino también entre el Ejecutivo de Pedro Sánchez y el Centro Nacional de Inteligencia (CNI). Las respuestas que han dado a varios ministros del gobierno han sido insuficientes por el independentismo, pero un golpe duro para los servicios de Inteligencia españoles. Según publica El Mundo, dentro del CNI hay malestar con el gobierno de Sánchez, ya que varias fuentes consideran que se los ha dejado "expuestos" ante el movimiento independentista y que las promesas del Ejecutivo español de más control interno sobre el CNI "dinamita su prestigio internacional".
Las fuentes del CNI consultadas por El Mundo han señalado especialmente la reunión entre el ministro Félix Bolaños y la consellera Laura Vilagrà. Después de la reunión, Bolaños anunció la "abertura de un control interno en el CNI" para analizar el caso CatalanGate. Esta promesa genera un gran malestar dentro de los servicios de Inteligencia, los cuales consideran que ya tienen bastantes controles internos. "¿A caso el CNI no tiene controles?", han cuestionado fuentes internas. Se trata de las mismas fuentes que consideran que la reacción del Gobierno ante este caso de espionaje masivo les pone "en evidencia", ya que se insinúa su responsabilidad en el caso.
"Investigarnos a nosotros es como si el Gobierno se investigara a él mismo", lamentan algunos miembros del cuerpo. Entre los aspectos que más incomodan en los miembros del CNI es otra de las promesas de Bolaños: "La constitución de manera inmediata de la Comisión de Secretos Oficiales" del Congreso, en la que comparecería la directora del CNI ante los miembros de la comisión, que incluirían varios partidos, incluyendo a los independentistas. Ser cuestionados por los partidos independentistas es uno de los aspectos de la respuesta del Gobierno que más nervios genera dentro del CNI.
El uso de Pegasus
El CNI ha admitido que utilizó el programa Pegasus por espair a personas del entorno independentista, aunque remarca que no lo hizo con autorización judicial y de forma individualizada, no masiva, como apunta la investigación de Citizen Lab, según publica El País. El Tribunal Supremo, sin embargo, no da apoyo a la versión del servicio de Inteligencia español y subrayan que nunca han autorizado en el CNI para hacer este tipo de acciones, según El Español. Mientras tanto, el CNI reprocha que la investigación de Citizen Lab no es fiable, ya que ellos solo reconocen espionajes puntuales y no masivo, como apunta la organización.