La mayor parte de las investigaciones por desobediencia han acabado archivadas, pero otras siguen centradas en los mandos de la policía autonómica: en Cornellà (Baix Llobregat) es investigada la que fue cúpula de Mossos el 1-O, incluido el jefe en la etapa del 155, Ferran López, y en Sabadell (Vallès Occidental) la ahora comisaria superior Cristina Manresa.
La suerte que corran estas investigaciones dependerá, en buena medida, de los hechos que el Tribunal Supremo considere probados en su sentencia del "caso procés", una causa en que la fiscalía sitúa a los Mossos d'Esquadra, bajo la dirección del conseller de Interior Joaquim Forn, como uno de los pilares de la hoja de ruta unilateral. Ante la delicada intervención de la policía catalana, la contundencia exhibida por la Policía Nacional y la Guardia Civil ante la votación: después de verse abandonados por los Mossos, adujeron a los responsables de los dos cuerpos en el Supremo, enviaron a sus antidisturbios a abrirse paso entre votantes hostiles ante los cuales no tuvieron ninguna opción más que cargar.
Son diversas las investigaciones judiciales que suscitó la actuación de la Policía Nacional y la Guardia Civil para impedir el 1-O, centradas principalmente en los juzgados de Barcelona, Manresa (Bages), Amposta (Montsià) y Girona, unas indagaciones que en total alcanzan cerca de 80 agentes investigados. Las declaraciones judiciales de los imputados no han servido para aclarar quién diseñó el dispositivo policial y ordenó las cargas, que se iniciaron a primera hora de la mañana en centros de votación de toda Catalunya ―algunos de gran peso simbólico, como el pabellón municipal de Sant Julià de Ramis (Gironès) donde tenía que ir a votar Carles Puigdemont― y se interrumpieron al mediodía, con numerosos centros de votación todavía abarrotados.
Tampoco lanzaron luz sobre este asunto los responsables políticos del Ministerio del Interior que fueron interrogados en el juicio al procés, desde el exsecretario de Estado de Seguridad José Antonio Nieto; el coronel Diego Pérez de los Cobos, que coordinó el dispositivo de seguridad contra el 1-O, o el propio exministro de Interior Juan Ignacio Zoido, que atribuyó las decisiones sobre las cargas a un genérico "los operativos". De su lado, en el juzgado de instrucción número 7 de Barcelona, donde la investigación está más avanzada, los policías nacionales investigados afirmaron recibir instrucciones de un centro de coordinación, que llamaron "Jefatura de Unidad de Intervención", pero no especificaron quién lo integraba.
Eso ha motivado la imputación de ocho inspectores jefe de la Policía Nacional que dirigieron los dispositivos, por orden de la Audiencia de Barcelona, que a raíz de un recurso presentado por el Ayuntamiento de Barcelona obligó al juez a investigar las directrices que se dieron a los agentes.
En la resolución que obligó a imputar a los inspectores ―pendientes de declarar ante el juez―, la Audiencia exige aclarar si la Policía Nacional se limitó a cumplir lo estrictamente ordenado por el TSJC para impedir el referéndum o si hubo una "utilización desproporcionada de la violencia" contra los votantes. Convertida ya en jornada épica de las movilizaciones independentistas, el 1-O concluyó con centenares de informes de lesiones en los juzgados ―la Generalitat cifró el número de afectados en más de un millar, balance que el Gobierno cuestionó― y una infinidad de imágenes de incidentes que sirvieron de munición, tanto a acusaciones como a defensas, en el juicio al procés.