El Museu de Montserrat parece uno de los secretos mejor guardados de la abadía. Pocos catalanes conocen la rica colección de arte que contiene, y se piensan que es un museo reservado para objetos sagrados u objetos vinculados a la tradición montserratina (un tipo de piezas que ocupan un lugar muy discreto en las salas de esta institución). Pero quizás el objeto más popular de este Museo es la momia egipcia. Se trata del cuerpo momificado de una mujer, de unos 25 años, que vivió en Egipto hacia el 300aC). Fue comprado, al principio del siglo XX, por el padre Bonaventura Ubach en El Cairo, para conformar la colección de Arqueología del Oriente Bíblico de Montserrat (junto con piezas de Tierra Santa, Mesopotamia y Chipre). Pero en conjunto, los catalanes conocen poco la rica colección montserratina dedicada al Egipto faraónico, que pese a que esta temática está de moda, es bastante ignorada. Y eso que cuenta con fondo de grandísimo valor; además de las colecciones originales, se han añadido las donaciones realizadas por Xavier Busquets y Caja Madrid, que enriquecieron extraordinariamente el conjunto arqueológico del Museu de Montserrat.
En el museo también hay dos sarcófagos: uno de ellos rectangular, de madera, que se atribuye al periodo Medio, y que incluye pinturas de los dibujos de Horus e inscripciones jeroglíficas; el otro es un sarcófago antropomórfico de Nubaset. También hay varias máscaras funerarias: se sospecha que no representaban el rostro real del muerto, sino que estaban hechas en serie, todas iguales. Pero hay otras piezas muy curiosas en el museo: se pueden ver unos vasos canopes, los recipientes donde se ponían las vísceras del difunto momificado (una en cada vaso) y que se depositaban en la cámara funeraria. Entre los objetos funerarios, también hay algunas estatuillas de las que se ponían en las cámaras funerarias: una barca, que representa la que lleva al difunto al otro mundo, y jarras y recipientes decorados de gran belleza. La única pena es que no todas las piezas están suficientemente documentadas y el visitante a menudo se queda con muchos interrogantes.
La colección de materiales egipcios de Montserrat es mucho heterogénea, pero eso puede resultar incluso atractivo para el visitante no especialista. Hay algunos shabtis, las estatuillas rituales que eran enterradas con el faraón con la esperanza de que le ofrecieran servicios en el otro mundo. Hay también una colección de pequeños objetos de tocador, muy variados. Entre las piezas más relevantes a nivel artístico, una cabeza real de diorita del periodo saïta, del siglo VII aC, o un destacable perfil de piedra calcárea de Hathor, ya del periodo ptolemaico.
Dicen que Bonaventura Ubach, cuando viajaba, no tenía mucho presupuesto para transporte, y por eso daba preferencia a comprar piezas de pequeño tamaño que le cupieran en la maleta. En realidad, en el Museu de Montserrat se conservan muchos objetos pequeños, como lámparas romanas, estatuillas de divinidades egipcias y cananeas, piezas de cerámica chipriota, piezas romanas cristal, objetos de culto judíos, figuritas hititas... Entre los más espectaculares hay las 1.200 tabletas con escritura cuneiforme en lengua acádica, elamita, hitita, cananea y sumeria (sólo se exponen una pequeña parte). Las más antiguas se remontan al 3.400 aC. Son un fondo de gran interés para los arqueólogos, aunque quizás no son muy atractivos para el simple visitante del Museo. Y además, hay muchos otros materiales en el fondo de reserva, como una gran colección de tejidos coptos o una extraordinaria colección de papiros, la primera de Catalunya, recopilada por el padre Ubach.