Elionor va començar aquesta etapa a bord del vaixell escola Juan Sebastián Elcano amb molt mal peu. La princesa no volia realitzar la formació militar encara que Felip VI el va obligar perquè és una cosa totalment indispensable per ser futura reina d'Espanya. Ja han passat pràcticament dos anys. Ben aviat rebrà la màxima condecoració de l'Armada i ja només li quedarà l'exèrcit d'aire a Múrcia. Estan sent anys molt complicats per a ella. En el cas de la germana de Sofia se li ha adaptat la formació dels tres exèrcits en tres anys, un per any. Mentre els seus companys es formen durant anys per això, ella rep instruccions en pocs mesos, no són suficients. Per això per a algunes proves físiques ni tan sols està preparada.
Al llarg d'aquests gairebé sis mesos de travessia, la princesa ha rebut bastantes amonestacions per part dels comandants per no ser a prou nivell com la resta dels seus companys. Com ja va passar en la formació amb l'exèrcit de terra a Saragossa, Elionor va haver de fer exercici extra amb entrenadors per posar-se en forma.
Letícia i Felip VI, preocupats per l'estat físic d'Elionor a Elcano
Al vaixell escola, sense el control de Letícia, Elionor se salta totes les normes, especialment en relació amb la seva alimentació. El seu estat físic ha requerit especial atenció. Els metges de la Casa Reial han estat estrictes amb aquest tema, ja que en acadèmies anteriors, com la de Saragossa i Marín, s'ha assenyalat que la princesa no assoleix el nivell físic dels seus companys, fins i tot comptant amb un preparador personal. Letícia ha demanat un control més gran en l'alimentació. Felip VI també exigeix a l'equip mèdic un control més gran per la seva salut.
D'acord amb informació de Vanitatis, l'alimentació a bord del vaixell escola està supervisada per un nutricionista i, en línies generals, rep bones valoracions. L'esmorzar sol incloure cafè, batuts, torrades i suc de taronja, i durant el dia es pot accedir a fruita en qualsevol moment. A mig matí, els tripulants consumeixen un entrepà, mentre que a la tarda s'ofereix algun dolç. Un dels menjars més apreciats a l'embarcació és el sandvitx de cansalada amb formatge. Els diumenges, l'esmorzar es transforma en una ocasió especial amb xurros amb xocolata i torrades.
No obstant això, malgrat la bona qualitat del menjar, aquesta no semblaria ser la més adequada per als requeriments específics de la princesa. En la seva més recent aparició pública, s'ha observat un lleu augment de pes, el que ha tornat a generar inquietud sobre el seu estat físic i ha motivat un reforç en el control de la seva alimentació.
