La participació de la princesa Elionor en el viatge a bord del vaixell escola Juan Sebastián Elcano, que havia de ser un dels moments més formatius i intensos del seu pas per l'Acadèmia Militar, s'ha convertit en una experiència molt complicada. Encara que està exercint el seu paper amb la responsabilitat que requereix la seva posició, la travessia ha resultat molt més desafiadora de l'esperat. Elionor, que va embarcar l'11 de gener com a part del seu entrenament amb l'Armada Espanyola, comptava amb tot just tres mesos de preparació a l'Escola Naval de Marín, a diferència dels seus companys, que porten anys d'instrucció específica per afrontar aquest tipus de missions.
Des de l'inici del viatge, la princesa va enfrontar importants dificultats físiques. Va ser més de tres setmanes sense tocar terra, la qual cosa va agreujar els seus símptomes de cinetosi, també coneguda com a mal de mar. Elionor va experimentar episodis greus de mareig, vòmits continus i una deshidratació que va requerir atenció mèdica. El moviment constant del vaixell, en especial durant les guàrdies amb fort onatge, va provocar fins i tot alguna caiguda, la qual cosa el va deixar hematomes visibles quan va desembarcar a l'Uruguai. Arran d'això, les autoritats militars van decidir eximir-la de les guàrdies per evitar nous contratemps.
Elionor rep un tracte especial malgrat la petició dels seus pares
Malgrat estar sotmesa a un règim rigorós, el tracte que rep Elionor no és exactament el mateix que el de la resta dels 75 guàrdies marines. Mentre que aquests es preparen per fer carrera professional en les Forces Armades, l'objectiu de la princesa és adquirir coneixements estratègics i de comandament per al seu futur rol com a cap de l'Estat. Per aquesta raó, la seva formació està adaptada a les seves necessitats específiques. Encara que no se li exigeix demostrar el mateix rendiment físic o tècnic, se li garantirà la màxima qualificació a cada una de les branques de l'Exèrcit, sense que això afecti les notes de la resta, ja que la seva avaluació es realitza per separat.
La presència d'Elionor a bord ha generat reaccions trobades entre els seus companys. Alguns han aconseguit entaular una relació propera amb ella, mentre que d'altres no oculten la seva incomoditat. El motiu no és personal, sinó el tracte diferenciat i les alteracions en el programa habitual que la seva presència ha implicat. La seguretat també s'ha intensificat: cinc escortes vigilen permanentment tant la princesa com l'entorn general del vaixell. Encara que ella intenta complir el que li correspon, hi ha certes tasques especialment exigents que, per raons evidents, no se li assignen. Tot això ha generat cert malestar entre l'alumnat, els qui han transmès la seva disconformitat a la direcció de l'Escola Naval i també a les seves famílies.
