Isa Pantoja no és filla biològica de la cançonetista espanyola Isabel Pantoja. Els seus veritables pares són Roxana Luque i Juan Carlos Rodríguez. Isabel la va adoptar el maig de 1996. Durant els seus primers anys, va tenir Diego Gómez com a figura paterna i a Dulce com una espècie de segona mare.
En l'actualitat, la relació entre Isa i el seu germà Kiko Rivera no és precisament un conte de fades. En una aparició en "El programa de Ana Rosa", Isa va qualificar Kiko d'hipòcrita. Resulta que Kiko li deu a Isa 5.000 euros i va dir que no els anava a tornar "perquè no li donava la gana". Però, al seu torn, Kiko criticava la seva mare, Isabel, dient que li deu diners a ell.
Isa Pantoja explica el mal moment que travessa la relació amb el seu germà
Isa no es va quedar callada. "Em sembla una persona menyspreable. M'humilia i ven una mentida. No el vull en la meva vida. Estic cansada que em diguin que per què no li perdono, que què ha de passar perquè li perdoni, però de veritat que no ha de passar res", va dir la 'Pantojita'. "No li funciona el tema de la meva mare perquè ja no pot tirar més del fil i ha de vendre que està bé amb ella. Així és com soluciona ell les coses, en lloc de trucar a la meva mare i dir-li: 'hola, mama, parlarem, vull estar bé amb tu, perdona'm'. Doncs no. El més normal del món és, al segon dia, quan ella està parlant amb les nenes, dir-li: 'hola, mama, dona'm el telèfon del teu advocat'", seguia.
"Això no és una persona penedida. És una persona que té prioritats. És genial que es preocupi pels seus diners, però no venguis una cosa que és mentida. Em fa mal per la meva mare i, en aquest aspecte, l'entenc. Però que ell sàpiga que la meva mare i la meva cosina no és que li perdonin, sinó que crec que l'acullen per pena. De veritat, em fa por com acabarà aquesta persona que, una vegada més, ens adonem que no estima ningú i, de veritat, d'aquí a uns anys no sé el que li portarà totes les coses que està fent i les conseqüències que això portarà", va rematar la col·laboradora de Telecinco.
Kiko explica els tractes xenòfobs cap a la seva germana Isa
Malgrat tot, Isa no pot dir que Kiko sí que l'ha defensat en ocasions. Hi va haver moments en què ell es va posar del costat de la seva germana contra les enraonies de la família. Fins i tot la seva mare, Isabel, va fer comentaris que Kiko no va poder deixar passar:
"Hi ha hagut moments en què s'ha tractat la meva germana com una 'filla de segona'. Comportaments, mirades, gestos... jo crec que tots sabem per part de qui. He escoltat comentaris despectius cap a ella, de tall xenòfob, per part de la meva mare i del meu oncle. Una cosa molt despectiva, la meva mare també els ha fet", va revelar Kiko en una entrevista.
"La meva mare m'ha utilitzat per a coses lletges. La meva mare m'ha arribat a dir 'ves-te'n a parlar malament de la teva germana'. Em sona el telèfon un dia a les dues o tres del matí i la meva mare en còlera dient-me que es traurà la vida, no sé què... Agafo el cotxe, me'n vaig a Cantora i estava empenyorada que em busqués un advocat per treure-li els cognoms a la nena", va reconèixer el Dj.