El viatge a bord del vaixell escola Juan Sebastián Elcano va ser un autèntic infern les primeres setmanes per a Elionor. La princesa no estava preparada per a aquesta formació amb l'Armada, ja que només va rebre tres mesos d'instrucció quan els seus companys portaven tres anys de classes. En el seu cas s'adapten tots els cursos a un any per poder passar pels tres exèrcits en tres anys. Independentment del seu treball, la germana de Sofia rep la màxima condecoració de cadascun dels exèrcits, per a això se li posa la màxima puntuació, però això no afecta la situació de la resta de companys.
Elionor va viure tres primeres setmanes en què estava convençuda que volia abandonar. De fet, va cridar plorant els seus pares quan va arribar al Brasil, i és que des de les Canàries fins a San Salvador de Bahía va estar tres setmanes, 21 dies, sense sortir de l'embarcació ni un minut. El mateix succeirà quan torni de Nova York Espanya, gairebé un mes a bord. Va patir forts marejos i vòmits com a conseqüència de la seva adaptació. Va haver de confinar-se a la seva cabina, fins i tot va rebre assistència mèdica.
Felip VI i Letícia saben que la formació militar és molt dura, però com ja va passar a Saragossa, amb l'Armada no han fet distinció. No volen que els comandants facin diferències amb Elionor i la resta de guàrdies marines, han de ser tractats exactament igual i la princesa ha de superar totes les proves.
Elionor suspèn en les proves físiques, no té el nivell dels seus companys
Tal com expliquen diversos superiors a persones properes, Elionor no té el nivell esperat per a un guàrdia marina, però és una cosa òbvia, igual que saben que tampoc no se li dedicarà i és un mer protocol.
S'ha ofert a Elionor entrenadors personals per realitzar activitats extres amb tal de posar-se en forma i estar a l'altura dels seus companys i companyes. La princesa no entrena i fa poc exercici per no dir res, la seva condició física és un desastre. Per això no pot realitzar gairebé cap de les maniobres. Es cansa amb facilitat. L'esport no és el seu. Els seus superiors han decidit apartar-la d'alguna de les proves més dures o baixar el nivell i intensitat perquè se senti còmoda i no es lesioni ni sigui una tortura de formació per a ella. Pràcticament només acudeix a les classes teòriques i realitza alguna activitat física quan la fotografien o la graven per a Casa Reial.
