Fins que l'italo-polonès Maciej Bielawski va escriure la biografia Panikkar. Un uomo e il suo pensiero (Editorial Fazzi), tots els estudiosos de Panikkar havien explicat la seva relació amb l'Opus Dei, prelatura de la qual va formar part durant vint-i-sis anys, en els termes següents: l'Opus Dei era presentat com la institució opressora i Panikkar com la víctima que havia hagut d'alliberar-se'n. 

Quan Bielawski va preparar la seva biografia (ampliada en la versió catalana a Fragmenta Editorial) va adreçar-se a l'Opus Dei per recollir la seva versió. José Luis Illanes li va proporcionar algunes dades que matisaven aquest primer esquema. Segons la institució, en cap moment va tractar-se d'una crisi ideològica —com seria esperable, vista la seva trajectòria espiritual posterior. Es tractava bàsicament d'una qüestió disciplinària: Panikkar es dedicava més als seus estudis que a les tasques pastorals que li encomanava l'obra. Se'l va acusar, a més, de mantenir una relació massa estreta amb una dona. 

Avui el professor Josep-Ignasi Saranyana, sacerdot de l'Opus Dei, ha publicat a la revista Studia et Documenta. Rivista dell'Istituto Storico San Josemaría Escrivá (Vol. 11 -2017; p. 323-348), un comentari sobre aquesta biografia. D'entrada confirma el conflicte entre la mare de Raimon Panikkar i Escrivá de Balaguer sobre el moment de l'ordenació sacerdotal de Raimon. Al 1946, any de l'ordenació, el pare de Panikkar es trobava impossibilitat i la mare va voler que continués al davant del negoci familiar, cosa que hauria impedit el seu sacerdoci. 

La sortida de Panikkar —revela Saranyana per primer cop— va venir precedida per quatre admonicions canòniques: dues al 1949 i dues al 1963. Saranyana explica que després de la seva expulsió, al juny de 1966, Panikkar i Escrivá van mantenir una bona relació. Tot i això, reconeix que més tard Panikkar explicaria que el judici previ a l'expulsió va produir-se en total incomunicació de l'exterior —cosa que, com comentava Panikkar en privat, podria considerar-se un segrest. 

Tot i la seva expulsió de l'Opus Dei, Panikkar continuava ordenat sacerdot i com a tal havia de seguir incardinat a algun bisbat. Va incardinar-se al bisbat de Benarés, per petició expressa d'Escrivá, que va demanar per carta que l'acollissin. A partir del 2005, revela Saranyana, Panikkar va restablir relacions amb el Prelat de l'Opus Dei Javier Echevarría i va mantenir relacions cordials amb diversos sacerdots de l'obra.